公益財団法人電磁材料研究所は、法人組織の中核であり、本法人の事業全体を統括する法人本部、ならびにその下に設置される研究開発事業部および事務部で構成されます。

法人本部

法人本部は、理事会および常任理事会の審議および決議に沿って、法人の管理および運営に関する総合的職務を行います。法人本部には、法人業務の円滑な運営を図るための運営委員会、特許発明に関する事項を調査および審議する特許発明委員会、職員の安全衛生および環境管理に関する事項を調査および審議する安全衛生環境委員会が設置されています。

研究開発事業部

研究開発事業部は、本法人の事業を実施する組織であり、３研究開発部門（新機能材料創生部門、デバイス用高機能材料開発部門、次世代高次機能デバイス開発部門）、２開発施設（素形材開発施設、デバイス開発施設）および材料・デバイス開発技術相談室、ならびに事業支援室で構成され、相互に密接な連携を保ちつつ事業を行います。研究開発部門および開発施設では、公益目的事業としての研究開発事業を実施します。材料・デバイス開発技術相談室では、企業等からのバルク機能材料および薄膜電磁材料の作製、高性能化および特性評価ならびにデバイス化などに関する技術相談に応じます。事業支援室は、公的および私的研究機関および企業等との受託研究・共同研究・試作開発研究の契約、知的財産権の出願・登録・維持・管理および民間企業への実施権供与、研究成果の公開など事業の支援に関する業務を行います。

事務部

事務部は、理事会および常任理事会等の審議および決議に基づいて、本法人を健全かつ効率的に運営するための法人全般の総務および財務関係の事務処理を行います。